2016年，全區衛生計生系統認真落實黨中央、國務院和自治區黨委、政府重大決策部署，積極培育區域特色，突出重點，主攻難點，推進試點，打造亮點，務實惠民，深化醫藥衛生體制改革取得新突破。
公立醫院綜合改革持續深化。在旗縣級公立醫院綜合改革全覆蓋基礎上，遴選11個旗縣開展示范創建工作，在公立醫院管委會實質運作、縣域服務體系規劃制定和核定編制等方面取得突破性進展。城市公立醫院綜合改革試點盟市由3個增到8個，試點城市公立醫院全部取消藥品加成，同步調整醫療服務價格。出臺《關于加強公立醫院績效評價的實施意見》，績效考核制度進一步完善。持續優化公立醫院收入結構，醫藥費用增長得到有效控制，預計增幅從2012年的27.5%降至8%左右。
分級診療試點工作初見成效。出臺《分級診療工作試點實施方案》，試點盟市增加到9個。大力開展簽約服務，促進首診在基層，家庭醫生簽約覆蓋率達到25.4%，重點人群達到49.1%，超額完成年度目標要求。在2個盟市開展醫聯體建設試點，探索上下聯動機制，緊密型醫聯體數量達到13個。自治區本級建設專科醫聯體或聯盟3個。
基本醫療保險改革加快推進。自治區人民政府出臺整合城鄉居民基本醫療保險制度工作方案，基本實現城鄉居民基本醫療保險“六統一”。出臺《內蒙古自治區基本醫療保險按病種付費改革試行辦法》，支付方式改革邁出實質性步伐。城鎮居民醫保、新農合人均籌資分別達到572元和565元，住院費用實際報銷比例分別達到60%和53%，超過國家50%的年度要求。
藥品供應保障改革深入開展。實行藥品分類采購，招標藥品降幅27.19%；國家談判藥品全部納入基本醫保目錄并掛網采購，直接掛網藥品盟市議價采購工作全面啟動。探索跨省跨區域聯合采購，2個盟市與三明市簽訂藥品聯采協議。加強基本藥物使用管理，推進二、三級公立醫療機構優先配備使用基本藥物。強化縣鄉村一體化配送，基層和偏遠地區藥品供應得到保障。建立陜川蒙寧醫用耗材聯采機制，共享采購信息。骨科等7類高值醫用耗材掛網實施陽光采購。